Hlutverk og markmið Rannsóknarstofu í tónlistarfræðum eru að:
1. stunda rannsóknir á sviði tónlistarfræða. Undir hatt tónlistarfræða falla m.a. tónlistarheimspeki, tónlistarmannfræði, tónlistarmenntunarfræði, tónlistarsagnfræði, tónlistarsálfræði, og tónvísindi.
2. skapa ungum fræðimönnum aðstöðu til rannsókna, einkum meistara- og doktorsnemum á sviði tónlistarfræða.
3. veita nemum í rannsóknartengdu framhaldsnámi tækifæri til að öðlast þjálfun og reynslu í vísindalegum vinnubrögðum með því að sinna rannsóknum og námsverkefnum á vegum rannsóknarstofunnar.
4. standa fyrir ráðstefnum, málþingum, fræðslufundum og útgáfum á sviði tónlistarfræða.
5. stuðla að og halda utan um þróunarstarf á sviði tónlistarfræða, einkum þess sem lýtur að tónlistarmenntun.
6. vera vettvangur samstarfs fyrir tónlistarfræðimenn af ýmsu tagi.
7. vera vettvangur samstarfs fyrir tónlistarfræðimenn og fræðimenn á öðrum sviðum.
8. stuðla að tengslum milli tónlistarfræðimanna og þeirra stofnana í samfélaginu sem starfa á vettvangi tónlistarfræða.
9. hafa frumkvæði að og ástunda samstarf við erlenda aðila um rannsóknir í tónlistarfræðum.
10. stuðla að og veita yfirsýn yfir rannsóknir í tónlistarfræðum.